Van kedisinin göz rengi üç gruba ayrılır. Her iki gözü mavi (daima turkuaz mavisi), her iki gözü kehribar (Sarı renk ve tonları, çok nadiren kahverengi) ve tek-göz (Diskromatopsi; yani bir gözü mavi diğer gözü kehribar renkte olanlar) diye gruplandırılır. Mavi renk, daima turkuvaz mavisi özelliğinde olurken, kehribar rengi farklı tonlarda görülebilir. Bununla birlikte, mavi gözlü Van kedileri de kendi arasında a)mavi gözlü kısa, kadife kürklü ve b)mavi gözlü-uzun ipek kürklü kediler diye ikiye ayrılır. Van kedilerinde, yeni doğan yavruların gözleri grimsi renktedir. Yavru kedinin doğumundan 25 gün sonra göz renkleri farklılaşmaya başlar ve 40 gün sonra da göz renkleri netleşir. İki kulağı arasında bir veya iki adet siyah nokta bulunan Van kedisi yavrularının çoğu tek-göz olur. Ve bu siyah noktalar adeta Tek-göz kedilerin mührü olarak tanımlanır. Van kedisi gibi değişik göz rengine sahip köpeklerin, evcil güvercinlerin ve insanlarında bulunduğu ve bu özelliğin genetik bir defekt sendrom olduğu bilinmektedir.
