Akvaryumda biriken yabancı maddeleri temizlemek, suyun sertliğini azaltmak, tedavi yada başka amaçlarla akvaryuma verilen maddeleri uzaklaştırmak, sudaki biyolojik dengeyi kurmak v.b. nedenlerle akvaryum suyunun filtrelenmesi gerekir. Bunun için çok değişik filtre tipleri kullanılır. Çalışma prensipleri akvaryum ve filtre içindeki su seviyelerinin eşit olması zorunluluğuna dayanmasıdır. Hava ile birlikte filtre içindeki temizlenmiş su, üstten akvaryuma verilir. Akvaryuma su girince su seviyesi artacağından filtreye doğru bir akıntı başlar. Filtre içindeki süzgeçten geçen su temizlenerek tekrar akvaryuma verilir. Akvaryumdaki filtrelerin belli aralıklarla temizlenmesi gereklidir. Piyasada en çok satılanı süngerli içi filtrelerdir. Bunların süngerleri 3-4 günde bir temiz su kullanılarak iyice yıkanmalıdır. Deterjan kullanmak, bu deterjanların kalıntısı süngerde kaldığı takdirde balıklar için zararlıdır. Sık sık akvaryum suyunu değiştirmek yerine filtrenin temizliğinin yapılması önerilir.
